Next Generation Sequencing in der Pathologie

Die enorme Beschleunigung der DNA-Sequenzierung durch die Entwicklung der Next-Generation-Sequencing-Technologien eröffnet dem Fach Pathologie nicht nur völlig neue Möglichkeiten in Forschung und Diagnostik, sondern stellt es auch vor große Herausforderungen.

Der Nachweis zahlreicher genomischer Alterationen (Punktmutationen, kleine Insertionen und Deletionen, Fusionstranskripte, Tumormutationslast [TMB]) wird bereits zuverlässig in der molekularpathologischen Routinediagnostik eingesetzt. Diese werden in absehbarer Zeit durch zahlreiche weitere Anwendungen (Genamplifikationen, Mikrosatelliteninstabilität, genomische Signaturen wie homologe Rekombinationsdefizienz (HRD), mRNA-Profile, B‑ und T‑Zellklonalität, DNA-Methylierung) ergänzt werden.

Herausforderungen in der Präanalytik, der Beurteilung der Assaysensitivität und -spezifität sowie der Bewertung der identifizierten Aberrationen (Variantenbewertung), die die Ausbildung und den Einsatz neuer Fachkräfte erfordern, werden dargestellt und diskutiert.